新生兒囟門凹陷有可能是身體脫水導致的，也可能是缺鈣、營養不良等原因導致的。
1、身體脫水
新生兒身體各器官發育尚不成熟，而且身體免疫功能也不太完善，容易受到各種因素影響，出現大便次數增多、腹瀉或頻繁嘔吐等情況，通常會引起身體脫水或電解質紊亂，出現囟門凹陷，還可能伴有口脣乾燥、尿量減少或淚少、皮膚彈性下降等現象。
2、缺鈣
一般情況下，新生兒囟門是平坦的，由於新生兒出生後身體發育比較快，會消耗體內大量鈣質，如果沒有及時補鈣容易引起缺鈣，將新生兒豎着抱起，通常會發現存在囟門凹陷的現象。
3、營養不良
新生兒出生後如果餵養不當，或其免疫力比較弱，容易生病，通常會引起營養不良、身體消瘦等情況，長時間下去也可能會導致新生兒囟門凹陷。
