三叉神經痛的根本原因在於顱內血管移位對神經的壓迫導致脫髓鞘，從而導致神經傳導形成異常環路而產生症狀，所以從病因上治療是最根本的、首選的治療方式。顯微血管減壓術就是通過手術的方式將血管和神經分開，從病因上來根治疾病。
當然，並不是所有的患者一發病就需要手術，因爲三叉神經痛在初發階段，有一定的自然緩解期，同時對卡馬西平等藥物很敏感，可以選擇口服藥物治療。但當疾病發展到一定時期，藥物控制效果不佳，或者藥物副作用太大，這時就需要考慮顯微血管減壓術來治療了。
當然，患者如果一開始就拒絕吃藥，同時對三叉神經痛的病因有科學的認識，可以直接選擇手術，避免吃藥帶來的副作用。將壓迫三叉神經的血管移位，解除神經壓迫，從發病原因根本上來根治疾病，不留任何後遺症。如果患者因身體狀況不佳或高齡難以耐受手術可以選擇三叉神經半月節球囊壓迫或射頻治療，也可以緩解除疼痛。但射頻或球囊壓迫是神經毀損手術，患者會伴有面部麻木不適等神經毀損後遺症，所以是不能耐受手術的患者的被迫選擇。
