新鮮的黃花菜一般有毒，若經過處理通常可以吃。
一般情況下，新鮮的黃花菜本身沒有毒性，但是其中含有一定的秋水仙鹼，這種物質進入人體經過吸收會被氧化變爲二秋水仙鹼，此時就會有一定的毒性。如果吃得過多可能會導致出現腹脹、腹痛、噁心、嘔吐、腹瀉等中毒症狀，也可能會抑制骨髓造血，使白細胞、紅細胞數量減少，增加感染、出血風險。另外，水仙鹼中毒還可能會引起肝、腎、肺等多個重要器官功能異常，甚至危及生命。
新鮮的黃花菜如果經過處理，例如將黃花菜的花蕊全部摘掉，然後用開水燙一遍撈出，並放在涼水中浸泡兩個小時以上，清洗乾淨，擠掉汁液，放在鍋中充分地烹飪熟，可以幫助去除秋水仙鹼，此時一般可以吃，不會影響身體健康。
建議保持飲食健康，減少身體損傷。如果吃新鮮的黃花菜以後有身體不適需及時到醫院就診，遵醫囑治療。
