新生兒灌腸通常用於處理腸道或者是排便問題，操作步驟一般爲先進行材料準備、固定嬰兒，然後進行潤滑插入、注入液體，最後排出廢物做好清潔、記錄排便情況，且操作過程中多不會出現明顯的疼痛感。
1、材料準備
先將灌腸需要用到的潤滑劑以及生理鹽水、醫用鹽水、溫水等材料提前準備好。
2、固定嬰兒
將嬰兒固定在相對較爲安全舒適的牀上或臺子上，防止來回滾動，以便進行灌腸操作。
3、潤滑插入
將潤滑劑塗抹在灌腸管的末端處，然後輕輕插入新生兒的肛門內。
4、注入液體
然後將醫用鹽水、生理鹽水及溫水等物質緩慢注射進腸道內部，對腸道進行清洗。
5、排出廢物做好清潔
灌腸對腸道造成刺激造成排便後，還需將灌腸管緩慢取出，然後對肛門區域處進行清潔。
6、記錄排便
最後則需要對嬰兒出現的排便反應及排便情況進行觀測，明確腸道問題。
操作過程中雖然一般不會產生疼痛感，但引流管對直腸屬於異物，所以多會伴隨有輕微的異物感產生。同時灌腸屬於醫療程序，注意必須由受過專業訓練的醫療人員進行操作。
