發燒39℃但是頭不疼可能是由於生理性波動或發熱症狀個體差異，還有可能是由於過敏所引起的發燒等原因導致的。建議患者及時去醫院就診，進行相關檢查，並在醫生指導下進行對症治療，以免延誤病情，產生難以預料的後果。
1、生理性波動
部分患者發熱可能是由於環境溫度過高或衣物過厚等原因導致，當機體散熱較慢的時候體溫會出現明顯升高，生理性體溫波動通常不伴有頭暈、頭痛症狀。若不伴有其他明顯不適症狀，這種生理性波動可通過改善環境氣溫或減少衣物的方式自行緩解。
2、個體差異
由於發熱是因爲體溫調節中樞功能紊亂所引起的，個別患者的臨牀症狀存在着差異，這些患者可能會在發燒的時候不伴隨頭痛的症狀。這個時期患者應及時在醫生指導下使用對乙酰氨基酚片、布洛芬緩釋膠囊等。
3、過敏
當患者是過敏體質時，在生活中遇見易致敏物質可能就會出現發熱這樣的過敏反應，通常會伴有身體皮疹、皮疹發癢、疼痛等。這種情況下的發燒通常不伴有頭暈、頭痛的症狀。此時患者應遵醫囑使用馬來酸氯苯那敏片、氯雷他定片等。
