通常是在胚胎髮育階段受到各種有害因素的影響使細胞染色體發生畸變，或有害物質抑制細胞的有絲分裂，妨礙了胎兒器官的正常分化與發育而產生畸形。受精後8周胚胎完成了除神經系統和生殖器官以外的器官的分化進入胎兒期，對外界致畸因素的敏感性相對降低。
懷孕早期有過高熱的婦女，孩子即便不出現明顯外觀畸形，但腦組織發育有可能受到不良影響，表現爲智力低下，學習和反應能力較差。這種智力低下是由於高熱造成胎兒腦神經細胞死亡，使腦神經細胞數減少所致，這種智力低下是不能恢復的。當然，高熱造成胎兒畸形還與孕婦對高熱的敏感性和其他因素有關。
很少人知道帶菌的貓也是一種對導致胎兒畸形威脅很大的傳染病源，而貓的糞便則是這種惡性傳染病傳播的主要途徑。據有關資料顯示，在英國，由於孕婦親近貓給嬰兒造成不良後果的，約佔染病孕婦的40%，每年約有500名嬰兒被貓所害。
據美國的一項調查表明，每天濃妝豔抹者胎兒畸形的發生率是不濃妝豔抹的1。25倍。對胎兒畸形發育所產生不良影響的主要是化妝品中含的砷、鉛、汞等有毒物質，這些物質被孕婦的皮膚和粘膜吸收後，可透過血胎屏障，進入胎血循環，影響胎兒的正常發育。其次是化妝品中的一些成分經陽光中的紫外線照射後產生有致畸作用的芳香胺類化合物質。
人的情緒受中樞神經和內分泌系統的控制，內分泌之一的腎上腺皮質激素與人的情緒變化有密切關係。孕婦情緒緊張時，腎上腺皮質激素可能阻礙胚胎某睦組織的融匯作用，如果發生在妊娠期間的前3個月，就會造成胎兒脣裂或齶裂等畸形。
孕婦飲酒，酒精可通過胎盤進入發育胚胎，對胎兒進行嚴重的損害。妊娠期每天飲2杯酒以上，可對胎兒有影響以至危險;每天飲酒2-4杯，則有畸形發育的危險。如腦袋很小，耳鼻極小和上嘴脣寬厚等。
有關專家指出，孕婦若食入被黴菌素污染了的食品(黴變食物)，黴菌毒素可通過胎盤禍及胎兒，引起胎兒體內細胞染色體斷裂。
孕早期過量接受放射性物質有可能導致畸形兒的產生，因此孕早期儘可能不做腹部X線透視或攝片，否則有引起先天性心臟缺陷、小頭畸形、死胎等危險。同時，孕早期應用雌激素、雄激素及孕激素，可引起胎兒性別的變化及其他畸形。孕婦連續用鏈黴素可致新生兒耳聾。
準父母長期大量飲酒、吸菸，都有可能產生死胎、低體重兒、智力低下等情況。同時，孕婦病毒感染也是導致畸形兒的原因之一，常見的是孕早期母親患流感、風疹、鉅細胞病毒、單純皰疹病毒等病毒感染，可使胎兒患小頭畸形及腦積水、腦鈣化等組織或器官畸形。
