洗豆子做納豆要選擇當年的新大豆，顆粒飽滿的小粒豆子最好，去掉草稈、豆莢、泥土、沙石等等雜物。用清水洗兩遍。
洗乾淨的豆子要用乾淨水泡15-20小時，冬天氣溫低一般要泡20小時左右，以豆子表皮泡光滑爲準，注意中間要換兩次水。夏天室溫高於30度時，最好將泡豆子的容器放入冰箱，防止豆子發酸。泡好的豆子要清洗乾淨，水變清澈爲度，挑揀出鐵豆子，蟲咬的豆子，半顆的豆子，有黑點的豆子，只留下顆顆完整的豆子。每次挑選豆子是製作納豆最費時間的環節，我每次製作8斤納豆，揀豆子需要2-3小時，工廠批量生產是不可能挑這麼幹淨的，尤其是鐵豆子，沒泡水前和正常豆子一模一樣，但它哪怕泡2天也是堅硬的。
蒸豆子要用帶篦子的高壓鍋，豆子底部不能積水。豆子必須瀝乾水。用高壓鍋蒸豆子，大火加熱到上汽後轉小火30～40分鐘。如果用普通蒸鍋蒸豆子，至少要蒸1.5個小時，豆子要蒸到用手輕輕一捏就扁的程度纔可以。蒸好的豆子可以嘗一嘗，如果是發甜清香好吃的豆子，做的納豆也會好吃，如果豆子不好吃，那發酵後的納豆也會不好吃。
在蒸豆子的過程中，要做好準備工作：消毒納豆發酵箱，納豆盒，用消毒過的小碗倒少量開水，晾3分鐘左右加入高橋納豆菌粉末，將納豆菌溶解。豆子蒸好後，等高壓鍋自然泄壓，鍋蓋能打開時，揭開鍋蓋後快速將蒸好的豆子移到消過毒的盆中，立刻灑入菌液，快速拌勻，分裝到發酵盒中，蓋好紗布，放入發酵箱。整個過程要迅速，儘量減少豆子接觸空氣的時間，蒸熟的豆子營養豐富極易被雜菌污染。
要製作高品質納豆，納豆發酵箱非常重要，既要保溫好，溫度恆定，又要有一定的透氣性，小漁自制了恆溫納豆發酵箱。拌好菌種的豆子放入發酵箱後，打開電源，將溫度設置爲40度，發酵20小時即可。發酵中途不能打開發酵箱查看，以防溫度驟降，引起發酵異常。一切交給時間，請靜靜的等待。
納豆發酵結束後，先關掉電源，等待2個小時後，納豆自然降溫後纔可以打開發酵箱。將納豆分裝到消毒過的密封容器中，入冰箱冷藏室（2-5度）後熟12小時就可以食用了。剛發酵好的納豆有濃烈的納豆香氣，是一種很好聞的味道，如果納豆的味道怪異，有可能是發酵的環節感染了雜菌。納豆有絲並不是發酵成功的標誌，納豆的氣味也是重要的指標。經過12小時的低溫後熟，納豆味道就比較柔和了，口感也更好了。發酵後未冷凍的納豆，3天之內是最好吃的時候。如果要長期保存，必須冷凍起來。納豆必須低溫保存，時間不超過一星期。如果要長期保存可以冷凍起來，冷凍可以保存6個月，吃的時候自然解凍就可以了。 納豆是否發酵成功，和發酵設備的關係最密切，小漁自主研發的納豆發酵箱，是小漁能夠製作高品質納豆的保障。
