新生兒百日咳的症狀表現爲陣發性痙攣性咳嗽，且伴有深長的“雞鳴”樣吸氣性吼聲，治療上應按呼吸道傳染病進行隔離治療，抗生素首選紅黴素，也可選用阿奇黴素。具體如下：
患兒在感染百日咳桿菌後，一般會有7~14天的潛伏期，然後出現典型百日咳症狀，根據病程可分爲3個階段：卡他期、痙咳期和恢復期。該病病程長，可能會併發肺炎、神經系統疾病等，患兒可因發生併發症而出現呼吸暫停、繼發於餵養困難和咳嗽後嘔吐的體重下降、睡眠困難、氣胸、鼻衄、尿失禁、驚厥、反覆抽搐、昏迷等。
治療上應按呼吸道傳染病進行隔離治療，百日咳桿菌對紅黴素敏感，因此抗生素首選紅黴素，也可選用阿奇黴素。咳嗽劇烈時可用鎮咳藥；痰液黏稠可用霧化吸入化痰藥物。必要時給予鎮靜劑能減少患兒因恐懼、憂慮、煩躁而誘發的痙咳，同時還可以保證睡眠。
