橋本氏甲狀腺炎是指免疫系統攻擊患者自身甲狀腺組織而引起的疾病，其病因目前尚未明確，考慮爲環境、遺傳等因素而引起。
1、飲食
患者日常碘攝入過量，特別是沿海地區的居民長期使用加碘鹽，或者長期食用海鮮、海帶以及菠菜等，也可誘發橋本甲狀腺炎；另外患者體內維生素D缺乏，特別嚴格的素食主義人羣，經常以穀物爲主，可導致體內維生素D缺乏，誘發橋本氏甲狀腺炎。
2、環境因素
血漿硒水平和甲狀腺抗體的濃度密切相關，所以長期硒元素缺乏也有可能會誘發橋本氏甲狀腺炎；日照時間不足的城市，可導致患者體內維生素D缺乏，而誘發疾病。
3、遺傳因素
根據相關研究證實，同卵雙胞胎同時患有橋本氏甲狀腺炎的可能性大概是在29~55%之間。其中50%自身免疫性甲狀腺炎患者的家屬，抗甲狀腺抗體也爲陽性。某些基因改變與橋本氏甲狀腺炎相關，如編碼甲狀腺球蛋白的基因突變。
