發燒39.6度一般指的是發熱39.6℃，寶寶發熱39.6℃一般是消化不良、上呼吸道感染、支氣管炎、尿道炎、肺炎等因素引起的，需要對症治療，所以不存在最佳處理方法的說法，具體分析如下：
1、消化不良
這一般是進食過多，導致過多的食物在腸道內堆積造成。可以遵醫囑使用多潘立酮片、健胃消食片、西沙必利片等藥物，促進胃動力，改善不良症狀。
2、上呼吸道感染
這通常是病毒和細菌感染引起的，通常伴隨有流感、咳嗽和鼻塞等症狀。患者可遵醫囑服用阿奇黴素膠囊、鹽酸莫西沙星片等藥物改善不良症狀。
3、支氣管炎
如果是病毒感染引起支氣管炎，炎症因子對機體造成刺激導致的。可以在醫生的建議下使用大環內酯類的抗生素進行治療，比如阿奇黴素分散片、羅紅黴素分散片、克拉黴素膠囊等，改善不良症狀。
4、尿道炎
如果是出現尿道炎，通常是不注意衛生、抵抗力下降等，導致病原菌通過尿道口進入尿道內引起的。可以在醫生的指導下使用頭孢類的抗生素治療，常用的藥物有頭孢克肟顆粒、頭孢氨苄顆粒、頭孢克洛顆粒等，能夠起到抗感染的作用。
5、肺炎
肺炎是肺部感染的一種，可能導致發熱、咳嗽、呼吸急促等症狀。患者可遵醫囑服用鹽酸氨溴索分散片、鹽酸溴己新片等藥物治療。
除此以外，還可能是病毒性心肌炎導致的。建議及時就診，明確診斷後採取合理的治療。
