大部分人羣長期吃紅菜頭一般並不會產生副作用，同時由於其中含有大量的維生素、氨基酸以及糖分，能夠爲人體補充必要的營養成分，促進人體免疫力提高，減少疾病發生的機率。紅菜頭中含有的膳食纖維則能夠在一定程度上促進腸胃蠕動，長期吃還能夠對便祕情況進行緩解。
如果患者本身的血糖水平較高或者是患有糖尿病，通常不建議長期食用，因爲紅菜頭中含有的糖分較高，長期食用會對自身的血糖水平造成影響，不利於血糖穩定，嚴重可能會造成糖尿病產生或是使糖尿病的症狀進一步加重。
另外，自身腸胃相對較爲脆弱的患者也不建議長期吃紅菜頭，紅菜頭在體內完成分解時會產生一定量的膽鹼，膽鹼能夠對胃腸道造成刺激，加重胃腸負擔，導致胃脹、胃痛等症狀產生。
