胃腸鏡屬於比較安全的操作，所以對身體傷害一般不大。
胃腸鏡一般是通過腸鏡和胃鏡，經過口腔及肛門對患者的食管、胃、十二指腸、結腸、直腸等進行檢查，可以幫助診斷胃腸道黏膜是否發生潰瘍、糜爛、炎症等情況，同時也可以對胃腸道黏膜病變取活檢進行組織病理學檢查。這種檢查方法的安全性一般較高，但是屬於一種有創操作，可能會導致患者的咽喉部位以及胃部黏膜等產生擦傷，尤其在需要進行取病理活檢時，可能會導致局部出現出血等現象，但是這種傷害一般比較輕微，通過日後調養能夠完全治癒，不會對身體產生較大危害。
胃腸鏡雖然屬於一種常規操作，但如果患有嚴重的心肺疾病以及懷疑有消化道穿孔、或者患有重症的咽喉部疾病等，一般不能進行胃腸鏡檢查，防止產生嚴重影響。
