早晨起來感覺腰和小腹疼可能是生理因素導致的，也可能是病理因素導致的，如盆腔炎、慢性胃炎等。具體分析如下：
一、生理因素
如果在前一天進行過於劇烈的體育活動，造成腰部以及小腹部肌肉拉傷，便可能產生早上起來感覺腰和小腹疼的症狀，屬於正常生理現象，可以通過適當的臥牀休息進行緩解。
二、病理因素
1、盆腔炎
沙眼衣原體、淋病奈瑟菌、金黃色葡萄球菌等感染，都可能引發盆腔炎，使盆腔部位在炎症因子的刺激下出現上述症狀，患者可以遵醫囑使用鹽酸左氧氟沙星膠囊、甲硝唑片等藥物進行治療。
2、慢性胃炎
病菌感染是引發慢性胃炎的主要因素，患者胃部黏膜在病菌的侵襲下，可能會出現破損情況，伴有該症狀。可以遵醫囑使用奧美拉唑腸溶片、雷貝拉唑鈉腸溶膠囊等藥物進行治療。
除此之外，早晨起來感覺腰和小腹疼可能是膀胱炎、宮頸炎、子宮肌瘤等導致的。建議在進行治療期間積極配合。
