以果肉顏色對菠蘿蜜進行分類可分爲黃肉與紅肉品種，具體菠蘿蜜紅肉和黃肉的區別主要體現在顏色、果型、出果率、甜度、產地價格、口感等方面。
黃肉的菠蘿蜜有淡黃，黃，深黃之分，紅肉菠蘿蜜顏色有淡紅，橘紅，深紅之分，這些顏色差異的形成受品種與熟度的影響，一般來說所有菠蘿蜜未熟的時候，果肉顏色都是白色/米白色的，其顏色隨着果實的熟度上升，慢慢變深。
對於紅肉菠蘿蜜其中的紅，不是指真正的顏色的紅，而是指靠近果核部分的果肉會呈現橘紅色，而黃肉則整個果肉都是偏黃色的，並且目前市面上所做的紅肉一般都是以淡紅與橘紅爲主，很少全紅，深紅的，菠蘿蜜紅肉和黃肉比較一下顏色還是可以很明顯看出區別的。
紅肉的果形要偏圓潤，飽滿一點，果刺要疏鬆，大一點，果中等一般在5-15kg；黃色菠蘿蜜果形相對紅肉來說偏長形，且果刺密集且感觀上較尖，果大一般單果重在10-20kg。
紅肉菠蘿蜜由於果實比較圓潤飽滿，果肉較小塊，果絲相對較少，出肉率一般40-50%左右，一般13斤的果子出果率高達7斤；一般黃肉的果肉較大塊，但果絲較多，出肉率一般在30-40%左右，20斤的果子出果率在6斤左右。
紅肉菠蘿蜜果肉呈橙紅色，肉厚甜脆，香味比較濃郁，甜度高達25度左右；黃肉菠蘿蜜果肉呈金黃色，甜度比紅肉菠蘿蜜清淡，果肉甜度只有17度左右。
黃肉菠蘿蜜一般是指國產的，因爲黃肉的價格要相對於紅肉的便宜很多；紅肉菠蘿蜜有國產與進口，國產的一般海南與廣西多一點，進口的一般爲越南的。
但國產的相比於進口的，還是越南的好吃的，應該是種植區域氣候的原因，國產的紅肉果肉含水量相對來說還是高一點，味道與脆度比越南的還是差一點。
黃肉菠蘿蜜口感偏軟綿，脆度差，香味與甜味也淡一些，並且果肉的含水較高，完熟後果肉呈現深黃水漬狀的感覺，水水的感覺沒有脆度，實際也沒有脆度；紅肉菠蘿蜜口感脆甜（全完熟後也是軟甜），含水量相對較少，香味濃郁。
根據情況決定。
1、菠蘿蜜肉很軟一方面跟其品種有關，有一種菠蘿蜜品種就是溼包型果肉，肉口感就是鬆軟的，而且味道十分甘甜，這種菠蘿蜜軟的纔好吃，並不是壞的現象，但若是出現發酵酒精味，腐敗味、果肉腐爛流水的話，就是變質現象，不能繼續食用，以免對健康造成危害。
2、對於平時常吃的幹包型菠蘿蜜品種，正常情況下熟了也不會特別軟，若是果肉非常軟，一般是放久了導致細菌、黴菌等有害微生物滋生和繁殖，出現的菠蘿蜜腐敗變質現象，這種菠蘿蜜若是有流水、異味等表現，就千萬不能吃，說明菠蘿蜜已經壞了，最好及時扔掉，以免誤食。
